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의료기관 임상시험 용역 부가세 부과

기재부, 3월 17일 후 최초 계약부터 적용

의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험 용역에 대해 부가가치세를 부과한다는 방침을 기획재정부가 세워 논란이 불가피할 전망이다.

14일 기획재정부에 따르면 기재부는 최근 국세예규심사위원회를 열어 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세(이하 부가세)) 과세는 지난 3월 17일 유권해석 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하는 것으로 결정했다.

국세예규심사위원회(이하 심사위)는 기재부 세제실장을 위원장으로 △세제실 국장 3명 △국세청 국장 2명 △조세심판원 심판관 △법제처 법제심의관 △교수·변호사 등 민간위원 5명으로 구성돼 있다.

앞서 기재부는 지난 3월 17일 임상시험용역의 부가세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령규정을 법리적 관점에서 해석해 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석을 내린 바 있다.

기재부는 이를 근거로 임상시험용역이 면세대상인 '환자에 대한 진료·치료 용역'이라기 보다는 '의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역'으로 영국 등 여러 국가에서 과세하고 있는 점등을 고려했다고 설명했다.

하지만 그간 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고해왔고 과세관청에서도 정기조사나 신고에 대한 사후검증과정에서 한번도 과세가 이루어진 사례가 없었다.

이에 심사위는 납세자 신뢰보호라는 관점에서 지난 3월 행해진 유권해석을 새로운 해석으로 봐 유권해석일 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세토록 결정했다.

다만, 유권해석일인 지난 3월 17일 이후 최초로 용역계약을 체결하는 것부터 과세가 적용되므로, 대형병원들은 수 백억 원에 달할 것으로 추정되는 세금 폭탄을 피할 수 있게 됐다.

기재부 관계자는 "향후 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가세를 과세하는 경우에도 의료기관 및 제약사의 세 부담이 증가하는 것은 아니다"라고 밝혔다.

이 관계자는 이어 "과세 시 의료기관은 제약사로부터 부가세가 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가세를 매입세액으로 공제 받을 수 있기 때문"이라고 설명했다.

한편 이처럼 기재부 측이 임상시험에 대한 부가가치세를 확정함에 따라 보건의료계의 반발이 거셀 것으로 전망된다. 실제로 제약협회는 기재부가 부가가치세 과세를 확정하자, 과세 면제가 되도록 병원협회와 공조해 나가겠다는 입장을 표명하고 있다.

[인터넷중소병원] 기사입력 2014-05-15, 8:20

기사제공 [인터넷중소병원]

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